A existência da imensa, compacta e centenária floresta, na região da Serra do Bodoquena, município de Miranda, levou o governador do Estado, Arnaldo Estevão de Figueiredo, a implantar na região em 1950, uma colônia agrícola, pois as terras eram de patrimônio do Estado. A partir de então colonos de diversos lugares do país e de países vizinhos como o Paraguai, vieram para a região atraídos pela boa qualidade do solo propício para a agropecuária. Os primeiros colonos instalados foram Chico Mineiro e Alfredo Pedro de Araújo. No início a ligação entre Miranda e a colônia era chamado de Trilha dos Caminheiros da Fé, que totalizava 55 km e recebeu este nome por causa dos vários obstáculos (pântanos, morros, matas e igarapés) e que durante as cheias do Rio Miranda deixava a colônia praticamente isolada.

 

Com o desenvolvimento da colônia a partir de 1960, formou-se a Vila da Amizade, que já possuía um estabelecimento comercial. Em 14 de dezembro de 1963, através da Lei nº 2.079, passou a distrito com o nome de Patrimônio de Campão. Em 1977 passa a fazer parte do atual estado de Mato Grosso do Sul. O distrito passa a ser município através da Lei nº 87 de 13 de maio de 1980, a partir daí com o nome de Bodoquena, sendo desmembrado do município de Miranda.

 

Comemora-se seu aniversário dia 13 de maio.